Bunu izleyen yılların siyasal gelişmeleri yüzünden kayser, Worms Meclisi’nin kararının yerine getirilmesini ne istiyor, ne de buna olanak bulabiliyordu. Sonra Fransa’yla uzun bir savaşa sürüklendi. Papa, Fransa’nın tarafını tuttuğu için, kayserin çoğunlukla Luther yanlısı olan Alman askerleri, Roma’ya ve papalık sarayına dek gidip, onun bir bölümünü yıktılar. Öte yandan, Tuna boyunca ilerleyen Türklerin Avusturya’ya girme tehlikesi vardı. Bu yüzden kayser yıllardır Almanya’da bulunamıyordu. Kaysere vekâlet eden hükümetinin en güçlü adamı, 1525 yılında ölen Akıllı Fredrik’di. Onun yerini dük Johan aldı. Böylece reform serbestçe yayılmaya başladı. Luther, dük George’un topraklarında bulunduğu zaman kılık değiştirerek onun tuzaklarına düşmemeyi başardı.
Buna karşın, bu yıllar Luther için Worms’da geçirdiği yıldan da daha zor oldu; sağlam kişilik gerektiren, çabalama ve tartışma yıllarıydı. 1521 yılında Luther bütün halkının hayran olduğu bir kahramandı, ama sonraki olaylarda arkadaşları yavaş yavaş kendisinden uzaklaşmaya başladılar.
O yılların en büyük bilgini Rotterdamlı Erasmus ilk önce Luther’in ortaya çıkışını memnunlukla karşıladı, papalık kilisesi üzerine sert ve iğneli sözler söyledi. Onun örneğine uyarak hümanistler ve şövalyeler (bunlardan Franz von Sickingen ve Ulrich von Hutten’den daha önce söz ettik) Luther’e yandaş oldular; kiliselerin ve özellikle manastırların temizlenmesini istediler. Ama Luther’in durumunu görünce, Erasmus korktu. Çünkü kişiliği ve karakteri sağlam değildi, kendi ün ve geleceği gerçekten daha önemliydi. Etkili kişiler aracılığıyla Roma’dakilere hâlâ öğretilere bağlı olduğunun söylenmesi için yalvarıp yakardı. Papa yine kendisinden kuşkulanınca bu kez Luther’e karşı ‘Özgür istekten’ adlı bir kitap yazdı. Luther buna ‘Kulca istekten’ adlı bir kitapla karşılık verdi. Böylece ‘hümanizm kralıyla’ reformcunun araları açıldı. Erasmus’un yandaşları da doğal olarak reformcudan uzaklaştılar.
Öğretisel sorunlar daha çözülmeden, Luther canların kurtulmasını sağlayan müjdesini toplumsal ve siyasal olaylara karıştırmak isteyen siyasal sürtüşmelere de katılmak zorundaydı. Orta Çağ’ın sonlarında Alman çiftçiler çok zor durumdaydılar. Onların üzerinde kilisenin sonsuz para istekleri, hükümdarların vergi ve zorbalıkları, şövalyelerin yağma ve keyfi hareketleri, hümanistlerin alaylı sözleri ve kavgacı memurlar vardı. Yoksulun durumuna kimse bakmıyordu, her şey para ve zorbalıkla yapılıyordu. Çiftçilerin toprağı ve özgürlüğü seven yüreklerinin kin ve devrim istekleriyle dolu olduğu herkesçe bilinen bir şeydi. Onu ateşlemek için bir tek kıvılcım gerekiyordu. İnsanın vicdan özgürlüğünü savunan Luther’in ortaya çıkışı, sevinçle karşılandı. Luther de çiftçi bir aileden geliyordu. Luther’in ‘Bir Hristiyan’ın Özgürlüğü’ adlı kitabının toprak köleliğine karşı yazıldığı düşünülüyordu. Luther, Kutsal Kitap’ın tek bir yaşam ilkesi olduğunu öğretince, çiftçiler devlet yasalarıyla ekonomi ve toplum ilkelerini de Musa’nın yasalarına göre düzeltme gerekliliğini duymuşlardı.
Patlama noktasına ulaşan devrim hareketinin önderliği, kimi aşırı kişilere kaldı. Wittenberg’ten çıkartılan ‘düş kurucular’ da Thomas Münzer önderliğinde bunlara katıldı. Bunlar bütün devlet ve kilise kurallarını tiksintiyle karşılayıp Allah’ın ‘bin yıllık hükümranlığı’nı bekliyorlardı. Bu da ayrıcalıklı sınıfların ateş ve kanla yok edilmesinden sonra kurulacaktı.
Ayaklanma 1524 yılında güney Almanya’da başladı. Kontlar ve şövalyeler birbirleriyle kavgalı ve kıskanç oldukları için, ayaklananlar çabukça ilerleyip devletin büyük bir bölümünü ele geçirdiler. Bunlar isteklerini on iki madde olarak açıkladılar. Kana susamış çiftçiler yağma ederek, yakarak, işkence ederek, öldürerek şatodan şatoya, kentten kente ilerliyordu. Önlerinde, Münzer ateşli vaazlar ederek gidiyordu: “Acımayın! Kılıcınızın kanı soğumasın!”
Her iki taraf Luther’e bakıyordu. Luther çiftçilerden yana çıktı. Şövalyeleri yaptıkları zorbalık ve kötülüklerden dolayı azarladı, ama aynı zamanda çiftçileri de güç kullanmamaya çağırdı. Bunun yararı olmayınca, kendi canını tehlikeye atarak tehdit yağdıran, kuduran insanlarla konuştu. Ama tek başına iyi, sessiz, dindar olan bu kişiler şimdi akılsız, yırtıcı bir hayvan sürüsü gibi olmuşlardı. Luther’in sevdiği Almanya tüten yıkıntılara dönüşüyordu, kendi yaşamı da tehlikedeydi. O zaman öfke Luther’i ele geçirdi ve amansız bir öfkeyle dolu ‘Çiftçilerin Yağmacı Katil Çetelerine Karşı’ isimli bir kitap yazdı. Büyüyen tehlike karşısında şövalyeler kendi kavgalarını bir yana bırakıp güçlerini birleştirdiler ve çiftçileri büyük bir bozguna uğrattılar. Luther’in uyarılarına karşın, şimdi de şövalyeler çiftçilere acımasızca davrandılar. Münzer yakalanıp idam edildi.
Şövalyeler Luther’i ayaklanmadan sorumlu tuttular. Çiftçiler ise onu ihanetle suçladılar. Halkın, önceleri Luther’e karşı göstermiş olduğu hayranlık, büyük bir ölçüde azaldı. Luther de Alman halkına olan güvenini yitirdi. Reformcuların önünde, uzun ve zor bir eğitim görevi olduğunu anladı. Ama tek başına kalan Luther yine sarsılmadı. Kargaşalık yılları içinde, aydınlık bir yol gösteriyordu: İncil müjdesi, iman, kişinin sonsuz yaşam davası, devletin ve toplumun siyasal davalarıyla karıştırılmamalıydı.
Çiftçilerin ayaklanmasından sonra Luther kiliselerdeki ayinlerde kendi reformlarını gerçekleştirdi. Onun halk diliyle yazdığı ‘Alman ayini’ denilen kutsal ayin, Luteryen kiliselerin çoğunda hâlâ kullanılıyor. Bu ayinde eski kiliselerin mirası korundu, ancak papalık kilisesinin yanlışlıkları çıkartıldı. Komünyon ayinin yerine vaaz en önemli yeri aldı. Vaaz, günah sorununun ve Allah merhametinin halk diliyle sade biçimde açıklanmasıydı. Luther yetenekli bir vaizdi. Okulların reformunu Luther Melanchton’a bıraktı. Böylece okulların gelişmesinde de reformun büyük etkisi vardı. Halkın dinsel eğitimi için Luther, ‘Kısa Hristiyan İlmihâli’ adlı bir kitap yazdı. Bu kitaptan her sabah çocuklarıyla on buyruğu, iman açıklamasını, Rab’bin Duası’nı derin derin düşünerek dua ederek okudu. Kitabı yazdığı zaman Luther, kendi çocuklarına Kutsal Kitap’ın gerçeklerini öğretmek isteyen Thüringenli çiftçi Petrus’u gözlerinin önüne getiriyordu. Ona bu gerçekleri genç kuşak için sade olarak nasıl anlatabileceğini açıkladı. Birçok yerde bu kitap hâlâ en önemli kitaplardan biri sayılır. Bu kitaptaki konuları tam olarak açıklamak için Luther ‘Uzun İlmihâl’i yazdı. Luther güvenlik görevlilerinden kiliselerdeki huzurun sağlanmasını istiyordu, ama güç kullanmalarını, kilise işlerine karışmalarını istemiyordu.
Luther’in 1525 yılında beklenmedik bir anda evlenmesi, hem arkadaşlarını, hem de düşmanlarını düşündürdü. Bir keşişin manastırdan kaçan rahibeyle evlenmesi, kuşkusuz insanları şaşkınlık içinde bıraktı.
Luther ayinden yanlışlıkları çıkardığı ve vaazı en önemli yere koyduğu için, insanlar Luther’in de aşırı gruplar gibi bütün kutsal ayinlere karşı olduğu düşüncesine kapıldılar. Andreas Karlstadt, Luther’in öğretilerini böyle açıklıyordu. Benzeri düşünceleri İsviçre’nin reformcusu Ulrich Zwingli de yaydı. Zwingli düşüncelerinin çoğunu Luther’den almış, ama başarı tutkusuyla dolu olduğu için aralarındaki ayrılıkları ortaya atarak reformun başındaki kişi olmak istiyordu. Hessen eyaletinin dükü Filip onun yandaşıydı. Filip yetenekli bir devlet adamıydı, özellikle Zwingli’nin reformun silahlarla gerçekleştirilmesi düşüncesini destekliyordu. Filip’in isteği üzerine, Luther ve Zwingli 1529 yılında Rab’bin Sofrası konusunu tartışmak için Marburg’ta bir araya geldiler. İsviçre’deki önderliğini Luther’e kaptırmaktan korkan, bu yüzden Hessen’le güney Almanya’nın kimi eyaletlerini kendine çekmek için Luther’le arayı açmak isteyen politikacı Zwingli ile politikadan tiksinen, yalnızca dinsel konular üzerinde durmak isteyen Luther, artık karşı karşıyaydı. Luther kavga etmeyerek ortak öğretilerde bir öneri yapmıştı. Bunlardan on dördü üzerine anlaştılar, ama ana konuda anlaşamadılar. Zwingli Rab’bin Sofrası’nın yalnızca İsa’nın ölümünü anmak için olduğunu ve “Bu benim bedenimdir” sözlerinin “Bedenimi temsil eder” ya da “Bedenimi simgeler” anlamında olduğunu söyledi. Luther ise büyük acılar çekerken İsa’nın gerçek huzurundan avunma bulduğunu bilerek, İsa’nın gerçekten Rab’bin Sofrası’nda var olduğunu, kendisini bize sunduğunu söyledi. Luther, önündeki masaya tebeşirle şu sözleri yazdı: “Bu benim bedenimdir.” Bu konuda bir anlaşma sağlanamadıysa da, her iki taraf ‘Vicdanın izin verdiği sürece birbirlerine sevgi gösterecek, Allah gerçeği açıklasın diye dua edeceklerdi.’
Ama Luther’in bu anlaşmadan edindiği olumlu düşünceler biraz sonra suya düştü. Zwingli’nin önderlik ettiği hareket, silahlı savaşa dönüştü ve Zwingli şehit oldu. Zor geçen bir süreden sonra Fransız Jean Calvin, İsviçre’nin başlıca reformcusu oldu.